زمینه و هدف: هیئتهای ممتحنه، ارزشیابی و برنامهریزی علوم پایه پزشکی از ارکان اصلی حکمرانی آموزشی در نظام آموزش علوم پزشکی کشور هستند. با وجود نقش سیاستگذارانه و نظارتی این هیئتها، شواهد حاکی از وجود چالشهای ساختاری و عملکردی در ایفای مأموریتهای آنهاست. این مطالعه با هدف تحلیل سیاستی عملکرد بوردهای علوم پایه پزشکی و ارائه راهبردهایی برای تقویت نقش حکمرانی آنها انجام شد. روش: این پژوهش با رویکرد تحلیل سیاستی و بهصورت چندروشی انجام شد. ابتدا اسناد بالادستی و آییننامههای مرتبط مرور و سپس دو مرحله نظرسنجی ساختارمند از دبیران و اعضای بوردهای علوم پایه پزشکی انجام شد. ابزار پژوهش پرسشنامهای شامل سه حوزه عملکردی (سیاستگذاری و برنامهریزی، نظارت و ارزشیابی، مدیریت آزمونها) بود. دادهها با آمار توصیفی و تحلیل مضمون بررسی شدند. یافتهها: مهمترین چالشها شامل ابهام در جایگاه قانونی بوردها، محدودیت اختیارات، ضعف دسترسی به دادهها، نبود نظام مدون اعتباربخشی، نارسایی در استانداردسازی آزمونها و مشکلات ساختاری در انتخاب اعضا بود. میانگین اهمیت چالشها (از ۵) در حوزه سیاستگذاری و نظارت 51/3 و در مدیریت آزمونها 89/2 گزارش شد. راهکارهای پیشنهادی شامل بازتعریف جایگاه قانونی بوردها، توسعه نظام اعتباربخشی، ایجاد بانک سؤال ملی، استانداردسازی فرآیند انتخاب اعضا و تقویت زیرساختهای اطلاعاتی بود. نتیجهگیری: نقش حکمرانی بوردهای علوم پایه پزشکی نیازمند بازآرایی سیاستی و ساختاری است. اصلاح جایگاه حقوقی، تقویت سازوکارهای دادهمحور و ارتقای استانداردهای نظارتی و آزمون میتواند کارآمدی این نهادها را در حکمرانی آموزشی افزایش دهد.